肠系膜静脉血栓形成占到了全部肠系膜血管缺血性疾病的5%到15%，通常累积到肠系膜上静脉，而肠系膜下静脉则很少受累。通常可分为原发性和继发性两种，病因明确的称为继发性，病因不明的往往被称为原发性或特发性。通常他的临床表现比较隐匿，诊断往往被延误，大部分的病例都是在开腹探查的时候才被明确诊断。急性肠系膜血栓形成最为常见的病因，就是遗传性或者获得性的疾病所导致的血液高凝状态，比如说肿瘤、腹腔炎症，还有手术以后，或者说有肝硬化或者说有门静脉高压的，使用口服避孕药的占到了年轻女性肠系膜上静脉栓塞9%到18%。
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