混合性结缔组织病是一个多系统的疾病。因此它的并发症也比较多其中最严重的是心脏的损害，由于肺动脉高压可以导致肺心病导致心脏功能的衰竭，也可能因为心肌炎心脏的心律失常影响到心功能。第二类是胸膜炎胸腔积液和心包积液的发生。第三类主要是针对消化系统，因为混合性结缔组织病最常影响食道的蠕动功能。因此使得上消化道的功能低下，引起一系列的消化系统的症状，其次神经系统的病变也是。他最常有的并发症包括癫痫的发生包括多发性的周围神经的损伤等等都可以在混合性结缔组织病的并发症中出现。其次还有肾脏的损害，晚期可以影响到肾功能，甚至需要进行透析治疗，其次还有甲状腺的病变还有干酪综合症等等都是它常见的并发症。
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