肾结石患者在手术治疗后肾脏是否会发生萎缩需要结合患者的具体病情综合分析。如果患者病情较轻,手术前无肾积水及肾功能损害,一般情况下在行手术治疗后不会发生肾萎缩的情况。如果患者在手术前有肾脏积水,在手术治疗后患者肾脏的体积会缩小到正常大小,这种情况不属于肾脏萎缩,需要予以鉴别。如果患者病情严重,在手术治疗前已经发生了不可逆的肾功能损害,在行手术治疗后患者肾功能衰竭病情可能会进一步加重,这种情况下患者的肾脏是可能会发生萎缩的。所以肾结石患者一定要尽早到泌尿外科就诊,评估病情后制定合适的治疗方案积极治疗。