巧克力囊肿在手术后，临床上由于起病的性质，复发率是比较高的，一旦出现复发的情况，建议要结合患者的年龄、病情、临床症状等综合性的来进行分析，在给予相应的处理。如果复发的巧克力囊肿不大的情况下，患者没有生育要求，可以放置宫内节育器比如曼月乐环，因为曼月乐环是一种高效孕激素的节育环，能够持续的释放孕激素，从而达到抑制子宫内膜生长的目的，也就抑制了子宫内膜移位病灶使其萎缩，从而达到治疗疾病的目的。巧克力囊肿也不会在临床上继续的增大，但是曼月乐环的有效性一般在五年，需要五年左右更换一次曼月乐环，直至女性绝经为止。对于有生育要求的女性，临床上可以给予一定的药物来进行治疗。

巧克力囊肿是由于具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢，所以使卵巢子宫内膜异位囊肿，从而形成了一个包裹性的囊肿，平时会有明显的痛经症状，而且囊肿会逐渐的增大。如果较大的巧克力囊肿可以采取腹腔镜手术治疗，不过手术可能有一些影响，比如有可能会对卵巢组织进行错误的剥离，或者手术中器械对卵巢组织造成副损伤，有可能影响到女性的卵巢功能，甚至还可能会引起卵巢功能过早的衰退，而且手术后开可以造成盆腔器官部分粘连。平时可能会出现腹部疼痛、下腹部部不适、性交痛等不良的现象出现。

巧克力囊肿主要的症状，会引起进行性加重的痛经表现。如果出现卵巢巧克力囊肿的破裂，或扭转，这时就会引起突发性的下腹部疼痛，而且还可能有肛门坠胀，感觉同时出血过多的情况下，还可能导致头晕、乏力、心慌、面色苍白表现，严重的还会导致晕厥、失血性休克。是由于女性子宫内膜异位到卵巢上，周期性的增生萎缩坏死而导致。女性卵巢巧克力囊肿比较大，而且在双侧卵巢上都有，这时就可能会影响女性生育功能，导致女性不能正常怀孕。对于小于三厘米的巧克力囊肿，如果痛经症状不明显，在有生育要求的情况下，可以先备孕怀孕，因为在怀孕后就可能使巧克力囊肿自愈。但对于大于5㎝的巧克力囊肿，这时可能在同房或剧烈运动后，出现破裂或扭转，所以可以通过腹腔镜手术将卵巢巧克力囊肿切除，术后再继续肌注亮丙瑞林，或曲谱瑞林。

潮热、盗汗、骨质疏松、烦躁、失眠、耳鸣、不来月经。卵巢巧克力囊肿是属于最常见的子宫内膜异位症，对于小的巧克力囊肿，可以进行药物保守治疗，但并不能将其治愈。如果巧囊已经超过5厘米，这时保守治疗效果不佳，就只能够考虑行腹腔镜手术将其切除，术后需要肌注曲普瑞林来避免巧囊的复发。由于肌注曲普瑞林是造成女性的假绝经，会抑制女性的下丘脑和垂体以及卵巢功能，因此最常见的副作用，就是会在肌注以后有潮热、盗汗的更年期症状。还可能出现骨质疏松表现，同时有的女性还会有烦躁、失眠、耳鸣症状。在肌注以后，女性暂时不会来月经，所以还可能会出现阴道干涩、性欲下降等副反应，但通常在停药以后，这些副反应表现就会自然消失。

对于巧克力囊肿的女性，如果这时囊肿比较小，痛经症状又不是特别严重，那可以通过药物来保守治疗，比如口服达拉唑，或者是孕三烯酮。还可以考虑直接在月经期间，服用非甾体类的抗炎药，来进行对症止痛治疗，比如常用的布洛芬缓释胶囊，或者是吲哚美辛。同时对于有生育要求的女性，在巧囊不是特别大时，可以考虑尽早备孕怀孕，因为在怀孕以后巧克力囊肿就会萎缩变小，甚至是可能自愈。但如果巧囊已经超过5厘米，这时保守治疗效果不佳，就只能够考虑行腹腔镜手术将其切除，术后需要肌注曲普瑞林来避免巧囊的复发。如果女性因为巧克力囊肿已经出现破裂，那这时就需要考虑行急诊开腹手术治疗。