尽管下消化道内镜黏膜下剥离术，相对而言较为安全，但仍有部分患者可能会出现以下并发症，而并发症的发生风险，则主要与息肉大小、形态、手术难度，以及患者全身状态，是否伴随其他疾病等因素密切相关。
一、出血。如治疗期间或治疗后发生出血，可通过内镜进行止血，在X线引导下进行介入治疗。如经上述治疗仍出血不止，则可能需要进行手术治疗。
二、穿孔。部分患者可能会在治疗后，发生消化道穿孔，继而引发腹膜炎、败血症等。此时通常需应用抗生素等药物，进行保守治疗，如保守治疗无效，则可能需要进行手术治疗。
三、狭窄。消化道狭窄常见于，超过3/4周的结肠息肉ESD术后。
四、其他并发症。部分患者可能会因治疗前，应用的相关药物出现头晕，皮疹、哮喘等过敏反应，极少数患者还可能会出现心律失常，心肌梗塞、脑卒中、低氧血症，或肺炎等并发症，尤其是高龄或存在危险因素，患者更应提高警惕。