胃间质瘤的手术方法根据肿瘤的大小、肿瘤的不同部位，有不同的治疗方法。如果肿瘤很小，小于两公分，而且向胃的腔内生长，可以用内镜切，就是用胃镜切掉。如果肿瘤再大一点，内镜切不了就用腹腔镜做局部切除，当然腹腔镜是一种办法，但也可以用开放的办法。开放手术做胃的局部切除，因为间质瘤的手术不同于胃癌的手术，胃癌的手术强调是淋巴结的清扫和大范围的切除；间质瘤本身有比较明确的边界，通常不发生淋巴结转移，所以这种肿瘤的手术，对切缘要求是只要是阴性就可以了；而且它不需要做大范围的淋巴结清扫，所以相对来讲手术方式跟胃癌是不一样的，相对简单一些。根据它的大小，部位的不同可以选择内镜切除，也可以选择局部切除。如果肿瘤发生在一些比较特殊的部位，比如说贲门或者幽门，这个时候如果不能做局部切除，就可能要做胃的部分切除。

胃间质瘤是发生于胃，起源于间叶组织，是属于非上皮组织而且恶性程度比较低的肿瘤，但不同于常见的胃癌。胃癌是起源于胃的黏膜层，其中间质瘤相对少见。起源于胃的叫间叶组织肿瘤，它跟胃癌来比，是胃上最常见的肿瘤，若发展成恶性肿瘤就是胃癌。间质瘤跟胃癌相比，第一是它起源不一样；第二是间质瘤相对少见，它的发生率相对来说比较罕见，是少见的胃的恶性肿瘤。

消化管道里的间质细胞如果发生恶性增生或者发生良性不断的不能控制的增生，叫做间质瘤，越大恶性度可能就越高。60%到70%的胃肠道间质瘤发生于胃，由于胃肠道间质瘤的症状不明显，又缺乏特异性，往往难以早期发现，强调早期诊断来定期的复查。

胃肠道间质瘤容易长在结直肠约占10到20%，食道占0到6%，肠系膜，网膜及腹腔后罕见，比较容易发现食管的间质瘤。最不容易发现的是小肠的间质瘤，胃肠道间质瘤的症状依赖于肿瘤的大小和位置，通常没有特异性。

良性的胃肠道间质瘤通过手术切除，可以彻底治愈。恶性的间质瘤需要结合它的恶性程度，肿瘤分期，个人体质，有没有淋巴结转移，有没有脏器转移，手术能否彻底切除以及术后对于格列卫等化疗药物的反应情况，来确定预后的情况。