卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，这是由于子宫内膜异位到了卵巢上从而形成的囊肿。手术可以对卵巢巧克力囊肿起到短暂的治疗，但是不可以治愈的。卵巢巧克力囊肿手术以后需要注射一些药物来预防子宫内膜异位症的复发，比如说醋酸戈舍瑞林、亮丙瑞林之类的药物，来使达到药物性闭经的目的，从而防止复发可以抑制子宫内膜的活性，从而对巧克力囊肿起到短暂的治疗。一段时间以后如果不再用药还有复发的可能，甚至会影响女性的生育功能。一般女性到了绝经以后卵巢功能衰退子宫内膜萎缩，从而可以治疗卵巢巧克力囊肿。

巧克力囊肿和多囊卵巢综合症是由本质上的区别的。巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症，它是子宫内膜异位症的一种特殊的类型，是具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢上，所以引起的卵巢囊肿。而多囊卵巢综合症本身很复杂，它是由于妇科内分泌异常，以及机体全身代谢性异常所导致的一种综合病症。多囊卵巢综合症在临床上主要表现为女性的月经不调、月经稀发甚至闭经、激素水平紊乱，多毛痤疮，从而影响怀孕，导致卵泡不发育，排卵障碍；而巧克力囊肿的排卵功能以及月经情况，大多数的患者都是正常的，所以二者之间是有本质上的区别。

卵巢巧克力囊肿有可能会影响女性月经的。如果卵巢巧克力囊肿比较小，对月经的影响则不明显；如果是比较大的囊肿，则会对卵巢组织破坏的比较多，就会表现为月经的异常，临床上通常会引起月经量特别多。它会影响女性的卵巢功能，由于部分女性会表现为经期延长，而且女性卵巢功能受到影响会影响女性的排卵，甚至引起月经经期的延长。在临床上，对于卵巢巧克力囊肿这样的患者，应该定期进行超声检查，以排除巧克力囊肿迅速的长大，必要时则需要进行手术治疗。

子宫肌瘤又称之为子宫平滑肌瘤，是长在子宫体上的，一般分为浆膜下子宫肌瘤，粘膜下子宫肌瘤和肌壁间子宫肌瘤。大多数的子宫肌瘤是不会发生癌变的。随着女性闭经后，卵巢功能萎缩，雌孕激素分泌减少，从而会导致子宫的萎缩，肌瘤也会变小，甚至萎缩消失。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一个表现，在临床上又称之为卵巢子宫内膜移位症。它两个长的部位是不一样的，所以是有一定区别的。在临床上用于过大的巧克力囊肿，是需要进行手术治疗的。

巧克力囊肿的主要症状为疼痛、盆腔包块和不孕。疼痛主要表现为痛经，月经来潮前或者月经前后下腹部为主的疼痛。疼痛可能与月经周期有关系，也可能与月经周期无关，时轻时重。此外，还可引起深部性交痛。有时会引起进行性痛经。巧克力囊肿是引起不孕的常见原因，在不孕患者中，50%的病因与巧克力囊肿有关系。子宫内膜异位症引起不孕的原因很多，可能是卵巢功能本身的问题，或者腹腔微环境的问题。巧克力囊肿形成病灶以后，由于每月一次的反复病灶出血，巧克力囊肿会逐渐长大。长大的过程中，如果张力过大，囊肿就会破裂。如果内容物较多或者较大，就会导致急性的剧烈腹痛；如果囊肿很小或者破口很小，破口可以自然闭合，但流出去的囊内液会导致囊肿与周围器官粘连。巧克力囊肿破裂会引起急性下腹痛，这种情况需要急诊手术治疗。