巧克力囊肿破裂最常见危害是会导致下腹部的剧烈疼痛，还会导致贫血症状、失血性休克症状等。
巧克力囊肿是属于最常见子宫内膜异位症，当囊肿过大，就可能出现卵巢囊肿的破裂或扭转，甚至会影响女性生育功能，导致女性不能正常怀孕。如果女性出现巧克力囊肿破裂还会因为血液的持续流出，导致头晕、乏力、心慌等贫血症状，严重的情况下还可能会引起晕厥、面色苍白等失血性休克症状，如果抢救不及时，那就可能会危及女性生命安全，而导致女性因为失血过多出现死亡。
同时在巧克力囊肿破裂后，异位的子宫内膜，又可能在女性腹腔过处再次进行终止，而引起全腹腔的子宫内膜异位症，导致后出现严重的痛经症状。
所以在出现巧克力囊肿破裂后，通常需急诊行腹腔镜手术，或开腹手术将卵巢巧克力囊肿切除。术后还要肌注亮丙瑞林，或曲谱瑞林来继续治疗，其目的是为了预防巧克力囊肿的再次复发。