毛囊炎轻者只需观察，大多可自行消退。细菌感染严重者要在医生的指导下选择口服药物或外用药物进行对症治疗。且在治疗期间也要尽量避免用手去挤压。
得了毛囊炎，如果炎症反应不明显，通常不需要特殊治疗，大多可自行消退。尤其是少数细菌性毛囊炎，一般只需观察，或居家清洁处理。比如外涂碘伏，大多可自行消退。但有的毛囊炎炎症反应比较明显，就需要使用药物进行治疗。
通常情况下，根据患者出现细菌感染严重的程度，使用外用抗生素治疗，如外涂莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、复方多粘菌素B软膏、克林霉素凝胶等进行消炎。如果出现真菌感染而造成毛囊炎，如出现马拉色菌性毛囊炎，可使用复方酮康唑乳膏外涂治疗，也可外涂特比萘芬乳膏等进行治疗。但是如果这种毛囊炎形成泛发性发展，还需要配合口服抗菌素进行治疗，比如口服伊曲康唑进行治疗。如果出现细菌性毛囊炎形成感染加重的现象，可以口服抗生素，如多西环素或头孢氨苄、头孢呋辛酯等进行治疗。