大多数肺炎支原体感染为临床隐性感染，仅累及呼吸道，在经过2至3周后病情加重，表现为发热、全身不适、头痛和咳嗽。咳嗽是肺炎支原体感染特点。在随后的一到两天，咳嗽频率和严重程度增加，使患者衰弱。另外，支原体感染咳嗽以刺激性干咳为特征。
肺炎支原体感染症状逐渐加重特点和流感、腺病毒呼吸道感染急性发病有明显差别。百分之五到百分之十患者可进一步发展为气管、支气管炎或肺炎，与患者年龄有一定关系。在该阶段中，患者原先临床症状仍然存在，咳嗽加重，痰白色较少偶有痰中带血。
由于持续咳嗽，患者可因肌张力增加发生胸骨旁胸骨疼痛，但真正胸膜疼痛很少见。患者发热，体温通常在三十七度八到三十八度，伴有畏寒。
与流感不同的是，支原体肺炎患者肌肉酸痛、胃肠道症状很少见。与腺病毒肺炎区别是，腺病毒肺炎有时伴随腹泻，但肺炎支原体很少腹泻。