少部分急性肠胃炎的患者会出现头疼，这一部分往往都是合并了一些感染所导致的发热，无论是低热或高热所导致的头疼。对于急性肠胃炎，它是一个急性的疾病，一过性的，往往轻度的患者注意饮食，休息以后，还有自愈性的倾向，所以头疼往往也会很快的缓解。但是如果头疼的比较严重，跟体温不一致，并且反复出现，那应该及时的就诊，除外其他的一些疾病的可能。急性肠胃炎其实最主要的临床表现还是以腹痛、腹泻、恶心、呕吐为临床表现，发热也不是所有的患者都会出现，只有合并一些比较严重的细菌感染或者病毒感染的时候才会出现。
所以总而言之，少部分的急性肠胃炎的患者会出现头疼，但是反复出现了头疼与腹泻的胃肠道症状不相符的情况下，一定应该排除其他的一些疾病的可能。