胃肠功能紊乱发生后，要先排除器质性疾病。其发生多与精神因素有关，因此要从精神调节以及改变生物行为方式方面治疗。传统疗法主要以饮食疗法、营养支持疗法以及对症解痉疗法为主。如腹部疼痛者，选用钙离子拮抗剂缓解肠道痉挛；腹泻或菌群紊乱者，补充益生菌；有明显精神症状患者，给予抗焦虑或抗抑郁药物治疗。
胃肠功能紊乱又称胃肠神经官能症，是各种不适症状组成的一系列症候群。首先需要排除器质性疾病，胃肠功能紊乱主要由精神因素诱发，如紧张、焦虑、生活与工作压力、烦恼、意外不幸等因素，均可影响胃肠功能正常活动，引起胃肠功能紊乱。胃肠功能紊乱治疗，只有通过精神调节和改变生物行为方式，才能从根本上调整胃肠道功能。
传统治疗一般是应用饮食疗法、营养支持疗法，还有解除疼痛的解痉疗法应对。通常根据症状采用相应对症治疗，如有腹部疼痛，可选用选择性钙离子拮抗剂缓解肠道痉挛；腹泻或菌群紊乱患者，可补充益生菌调理；对具有明显精神症状患者，应积极给予抗焦虑或抗抑郁药物。很多患者应用抗焦虑或抗抑郁药后，很快不适症状得到明显缓解。同时要跟患者认真交流，让患者认识到病情，主动调节情绪，不要过度关注，消除思想顾虑，也能取到明显效果。