苯丙酮尿症不能自愈，苯丙酮尿症是遗传代谢性疾病，目前还没有办法改变基因突变和苯丙氨酸羟化酶缺陷，只能通过药物或低苯丙氨酸饮食治疗控制病情发展。
　　苯丙酮尿症是常染色体隐性遗传引起。目前对苯丙酮尿症的基因突变、苯丙氨酸羟化酶的缺陷都无法改变，所以只能控制病情发展，让患者的智力和精神行为发育接近正常人，无法彻底治愈疾病，更不会自愈。
　　部分患者苯丙酮尿症是因四氢生物蝶呤缺乏，导致辅酶功能不足引发的疾病，此时适当补充四氢生物蝶呤可缓解病情。大多数苯丙酮尿症患者体内血苯丙氨酸持续增高，此时注意低苯丙氨酸饮食治疗，也可控制病情发展，减轻对患儿智力的损伤，患儿有望正常生活。