目前临床上对于巧克力囊肿的治疗方案的选择，需要根据患者的年龄、囊肿的大小、患者存在的临床表现和患者主要的致病原因综合的来进行考虑的。如果对于有生育要求的女性巧克力囊肿不大，仅仅表现为单纯的巧克力囊肿腹腔内没有明显的病灶，可以使用药物来缓解痛经的症状，这种情况下可以采取保守治疗，让患者尽早的怀孕解决生育要求。因为怀孕后对于子宫内膜异位症也是一种治疗，而对于年龄偏大已经有孩子的女性囊肿已经侵犯了身体的其他部位，而且症状比较重时需要进行根治性的手术，必要时也可以进行子宫以及双侧卵巢的切除。对于单发的巧克力囊肿，囊肿直径大于五厘米也可以进行腹腔镜下的囊肿剥除术，术后可以给予GNRHA药物治疗。

对于巧克力囊肿的女性，即使行腹腔镜手术将其切除，但由于在手术的过程中，并不是能够100%将异位的子宫内膜组织完全清除干净，所以在手术以后，仍然可能出现巧克力囊肿复发。对于巧克力囊肿复发的女性，如果这时囊肿比较小，痛经症状又不是特别严重那可以通过药物来保守治疗，比如口服达拉唑，或者是孕三烯酮。还可以考虑直接在月经期间，服用非甾体类的抗炎药，来进行对症止痛治疗。同时对于有生育要求的女性，一般在巧囊复发以后都不是特别大，所以可以考虑尽早备孕怀孕，因为在怀孕以后巧克力囊肿就会萎缩变小，甚至是可能自愈。但如果巧囊复发以后又超过5厘米，这时保守治疗效果不佳，就只能够考虑再次行腹腔镜手术将其切除，术后需要肌注曲普瑞林来避免巧囊的复发。

巧克力囊肿的主要症状为疼痛、盆腔包块和不孕。疼痛主要表现为痛经，月经来潮前或者月经前后下腹部为主的疼痛。疼痛可能与月经周期有关系，也可能与月经周期无关，时轻时重。此外，还可引起深部性交痛。有时会引起进行性痛经。巧克力囊肿是引起不孕的常见原因，在不孕患者中，50%的病因与巧克力囊肿有关系。子宫内膜异位症引起不孕的原因很多，可能是卵巢功能本身的问题，或者腹腔微环境的问题。巧克力囊肿形成病灶以后，由于每月一次的反复病灶出血，巧克力囊肿会逐渐长大。长大的过程中，如果张力过大，囊肿就会破裂。如果内容物较多或者较大，就会导致急性的剧烈腹痛；如果囊肿很小或者破口很小，破口可以自然闭合，但流出去的囊内液会导致囊肿与周围器官粘连。巧克力囊肿破裂会引起急性下腹痛，这种情况需要急诊手术治疗。

巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上造成。子宫内膜异位到卵巢上，每个月子宫内膜出血，卵巢异位的子宫内膜也出血，日积月累这些出的血，不能排出体外，在局部聚积然后形成了囊肿。开始是鲜红色的血液，时间久了，就会变成巧克力色，也是咖啡色。囊液可能比较稀薄，也可能比较浓稠，但总的来讲成分是血液合并了液体。最常见是卵巢的子宫内膜异位症，但有些卵巢的浆液性肿瘤或黏性肿瘤，囊内壁也合并了出去，污染了囊内的液体，时间长了后，也会成为巧克力颜色。如何去鉴别巧克力囊肿是什么原因造成，就需把囊肿完整的或囊壁给剥离出，在显微镜下才能看到成分是什么，才能知道到底是巧克力囊肿、子宫内膜异位症是浆液性囊肿是黏性囊肿等等卵巢的肿瘤。

巧克力囊肿的症状，一般来讲小的巧克力囊肿对患者没有任何影响，患者没有感觉，只是在常规查体的时候进行妇科检查的时候才能够发现。有的时候患者是因为其他的疾病来就诊，顺便做了一个妇科的b型超声，发现卵巢有个囊肿。一般来讲囊肿小于5、6公分的时候，患者什么感觉都没有，当囊肿比较大的时候可能会造成一些压迫症状。这个时候患者会觉得肚子有轻微的不适，比如说尿频、上厕所的机会多或者是肛门下坠感，然后觉得觉得腹内有下坠的不舒服。那么当囊肿它破裂的时候，患者会突然的出现剧烈的下腹疼痛。这个时候，患者应该要紧急到医院去，然后医生检查原因，然后进行紧急的处理。那么卵巢巧克力囊肿呢，还有部分患者会出现不孕，因为子宫内膜异位症，它的囊内的液体会有少量的渗出会有粘连，会影响输卵管功能，会影响卵巢的功能，最后导致不孕。