对于卵巢囊肿的后遗症，主要是由于手术后导致的后遗症，出现卵巢囊肿手术后，如果手术过程中没有保护好卵巢的功能，会发生卵巢功能受损，从而影响女性的月经，而且手术后容易造成盆腔的粘连。患者会出现性生活后，腹部出现疼痛，严重者会影响女性的性生活的质量，而且术后也容易发生肠粘连，这种疾病的几率会更高一些，所以一般建议做完子宫内膜异位症，卵巢囊肿手术的患者一定避免过早进食，一定要等到排气后才慢慢的进一些流质或者半流质的食物，这样就不会容易发生肠粘连，而且要积极配合医生进行治疗，适当的下地活动，有助于帮助肠道的蠕动。

子宫肌瘤又称之为子宫平滑肌瘤，是长在子宫体上的，一般分为浆膜下子宫肌瘤，粘膜下子宫肌瘤和肌壁间子宫肌瘤。大多数的子宫肌瘤是不会发生癌变的。随着女性闭经后，卵巢功能萎缩，雌孕激素分泌减少，从而会导致子宫的萎缩，肌瘤也会变小，甚至萎缩消失。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一个表现，在临床上又称之为卵巢子宫内膜移位症。它两个长的部位是不一样的，所以是有一定区别的。在临床上用于过大的巧克力囊肿，是需要进行手术治疗的。

巧克力囊肿手术后是否影响生育，需要了解清楚手术的过程，如果患者没有生育过，临床医生一般会考虑患者有生育需求，尽量保留患者的生育能力。如果仅仅是切除了一侧的卵巢和输卵管的话，对侧仍然有卵巢，输卵管仍然可以正常怀孕的，只不过怀孕的几率会稍微的降低。对于卵巢巧克力囊肿有可能不需要切除输卵管和卵巢，仅仅去把囊液吸出，囊皮切掉病灶切除，则不会影响女性的生育。女性仍然在手术后可以正常的生育的，建议夫妻双方如果有备孕计划的话，可以在排卵期前后进行性生活。

巧克力囊肿手术后建议要在术后一个月才可以安排同房。巧克力囊肿会引起进行性加重的痛经表现，出现卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。对于大于5公分的巧克力囊肿，需要通过腹腔镜手术将卵巢巧克力囊肿切除，术后再继续肌注亮丙瑞林，或者曲谱瑞林来治疗将巧克力囊肿治愈。手术以后，女性恢复的时间通常是在7~14天左右，过早同房会影响盆腔的恢复，从而出现盆腔炎症，甚至是腹部疼痛等不适现象，因此不能过早安排同房。如果过早同房导致盆腔炎症出现，只能考虑静脉使用抗生素或者口服抗生素来进行抗炎止痛治疗。

巧克力囊肿患者服用药物前，首先应明确巧克力囊肿性质，再选择合适药物治疗。浆液性囊腺瘤或粘性囊腺瘤，药物治疗无效。卵巢子宫内膜异位囊肿，可借助激素类药物抑制月经来潮，以此达到防止囊肿出血、继续长大的目的。也可借助中药治疗卵巢子宫内膜异位囊肿，其对患者并发痛经症状作用效果较好，但对囊肿增长抑制作用不大。一、浆液性囊腺瘤或粘性囊腺瘤，药物治疗无效；二、卵巢子宫内膜异位囊肿，可通过药物治疗，控制继续生长。但对于已经长出的囊肿，服用药物无法促使其消退，可用激素类药物抑制月经。一般只要不来月经，囊肿就不会出现继发出血以及变大。若月经正常来潮，囊肿继续长大可能性很大。有些中药也可治疗卵巢子宫内膜异位症，但中药对于缓解卵巢巧克力囊肿导致的痛经，效果比较好，对控制卵巢囊肿继续长大效果较差。