巧克力囊肿会对生育功能产生不利影响，发生不孕症的概率约为50％。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，是最常见的子宫内膜异位症类型。这种疾病是因为子宫内膜组织长在卵巢上并反复出血、无法排出，引起了周围组织炎性反应、瘢痕形成而成为囊肿，囊内液为暗褐色巧克力状的陈旧性血液而得名。巧克力囊肿患者会因为卵巢、输卵管粘连而影响受精卵的正常运输，从而影响女性的正常受孕。如果巧克力囊肿破裂，则会导致急腹症，加重整个盆腔组织粘连，更加影响受孕。此外，巧克力囊肿也会增加妊娠后的自然流产率。因此，对于合并不孕症的巧克力囊肿患者，建议手术治疗，目前多采用腹腔镜手术，手术效果取决于病变程度。术后则应积极配合医生制定的治疗方案进行治疗，争取尽早妊娠。术后半年内是最佳怀孕时机，若术后超过2年仍不能妊娠者，再妊娠的机会很小。

有盆腔积液的女性有可能会同时得巧克力囊肿的，而盆腔积液是不会导致巧克力囊肿，反而患有卵巢巧克力囊肿的患者有可能会引起盆腔积液。盆腔积液在临床上认为是各种炎症性的疾病，或者是盆腔内一种病变所产生的组织渗液，或者腹腔内出血所产生的液体积聚在后穹隆的部位，我们称之为盆腔积液。而巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种特殊类型，它是具有生长功能的子宫内膜移位到了卵巢内，随着月经周期性的改变而发生内膜组织出血，剥脱，从而导致局部引起卵巢巧克力囊肿，这种囊肿会引起周围组织发生类炎症性的改变，从而导致周围组织渗出液会产生，因此会导致盆腔积液的出现。

卵巢巧克力囊肿是子宫内膜移位重的一种特殊类型，是具有生长功能的子宫内膜、腺体或者间质侵入卵巢组织，而引起的卵巢巧克力囊肿这种。在卵巢部位的内膜会随着月经周期的改变而发生生长出血，从而引起巧克力囊肿，这种囊肿会影响卵巢功能，但是不一定会引起卵巢早衰的，二者没有一定的相关性。在一般情况下，对于卵巢巧克力囊肿的患者，可以服用药物进行调理。平时日常生活中可以多喝水，多吃新鲜的青菜和水果，注意腹部保暖，避免着凉受寒，注意性卫生，勤换内裤，避免过多的宫腔内的操作。如果囊肿较大时，则需要进行手术治疗，所以在临床上不是所有巧克力囊肿的患者都一定卵巢早衰。

目前在临床上并没有发现哪种运动能够有效的控制住巧克力囊肿。因为女性做普通运动为了增强体质提高机体的抵抗力，但是并不能够抑制巧克力囊肿的长大，也不会让巧克力囊肿出现萎缩，变小的现象。同时对于卵巢巧克力囊肿过大的女性，如果进行剧烈的运动，有可能会导致巧克力囊肿破裂，甚至会引起囊肿的扭转。所以对于巧克力囊肿太大的女性，在临床上反而建议禁止做剧烈的运动。同时，在医生的诊疗下，应格外建议尽快的进行手术切除治疗，将巧克力囊肿病灶进行切除，术后要积极的预防复发。

巧克力囊肿是由于具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢，所以使卵巢子宫内膜异位囊肿，从而形成了一个包裹性的囊肿，平时会有明显的痛经症状，而且囊肿会逐渐的增大。如果较大的巧克力囊肿可以采取腹腔镜手术治疗，不过手术可能有一些影响，比如有可能会对卵巢组织进行错误的剥离，或者手术中器械对卵巢组织造成副损伤，有可能影响到女性的卵巢功能，甚至还可能会引起卵巢功能过早的衰退，而且手术后开可以造成盆腔器官部分粘连。平时可能会出现腹部疼痛、下腹部部不适、性交痛等不良的现象出现。