睾丸萎缩在临床上比较常见，常见的病因一般有精索静脉曲张、感染、损伤、炎症、内分泌因素，还有一些药物也可以引起睾丸萎缩。虽然理论上说精索静脉曲张，外伤还有感染产生的炎症会导致睾丸萎缩。但实际上在临床上看，除非有明确的外伤史以后，睾丸逐渐萎缩了，才会认为这个外伤会导致睾丸萎缩。而精索静脉曲张引起来的睾丸萎缩，现在实际上是有争议的。有些人认为重度的精索静脉曲张有可能会引起同一侧睾丸萎缩，但有些医生并不这么认为。还有一些特殊的药物，比如说像醌那一类的药物，有可能会引起患者的毒性反应，导致睾丸萎缩。
在临床上最常见的或者说能够有效治疗的睾丸萎缩，一般是内分泌疾病引起来的睾丸萎缩。比如说有一些垂体疾病的患者，他因为垂体肿瘤导致内分泌激素紊乱以后，出现了这种睾丸萎缩，可能通过治疗垂体肿瘤，使内分泌激素的水平逐渐达到正常稳定。那么对治疗睾丸萎缩才可能有一定的帮助。