目前临床上对于巧克力囊肿的治疗方案的选择，需要根据患者的年龄、囊肿的大小、患者存在的临床表现和患者主要的致病原因综合的来进行考虑的。如果对于有生育要求的女性巧克力囊肿不大，仅仅表现为单纯的巧克力囊肿腹腔内没有明显的病灶，可以使用药物来缓解痛经的症状，这种情况下可以采取保守治疗，让患者尽早的怀孕解决生育要求。因为怀孕后对于子宫内膜异位症也是一种治疗，而对于年龄偏大已经有孩子的女性囊肿已经侵犯了身体的其他部位，而且症状比较重时需要进行根治性的手术，必要时也可以进行子宫以及双侧卵巢的切除。对于单发的巧克力囊肿，囊肿直径大于五厘米也可以进行腹腔镜下的囊肿剥除术，术后可以给予GNRHA药物治疗。

巧克力囊肿是子宫内膜移位症的一种特殊类型，它可发生于女性的任何年龄，一般高发于育龄期的女性。这个疾病主要的特点就会有痛经进行性的加重，这个疾病会引起卵巢子宫的病变，从而导致女性出现痛经进行性的加重，性交痛，甚至会引起输卵管炎、盆腔炎，从而引起不孕症的发生，所以这个疾病是有一定的危害性的。对于严重的子宫内膜移位症，卵巢巧克力囊肿的患者，如果子宫内膜移位到了盆腔，宫颈韧带，甚至发生严重的性交痛，尤其在月经前较为明显，而且卵巢巧克力囊肿会逐渐的增大，囊肿增大到一定时候就会造成破裂，从而引起急腹症的发生。

对于卵巢巧克力囊肿，是不建议在月经期间来进行检查的。因为有一部分囊肿是生理期产生的，比如说黄体囊肿，储留囊肿等等。一般在月经干净后两到三天来进行超声检查，经期检查过后可以再过一段时间再进行复查以防误诊。一般首次做b超查出囊肿后，医生都会建议观察一段时间再进行复查，而且对于巧克力囊肿可以进行双合诊或者三合诊的妇科检查。但是三合诊双合诊是不建议在来月经期间进行检查的，所以在月经干净后可以进行女性的妇科内诊检查。而抽血进行血CA125的检查，也是检查巧克力囊肿的一个指标。而有一部分患者在来月经时检查CA125会出现轻度升高，而月经干净后CA125就会降低。

巧克力囊肿会引起不孕。卵巢巧克力囊肿又称为卵巢子宫内膜异位囊肿，主要症状是下腹痛、痛经、不孕及性交不适。巧克力囊肿不孕率高达40%。引起不孕的原因主要有：盆腔微环境改变影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加而破坏子宫内膜正常代谢及生理功能、卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。此外，未破裂卵泡黄素化综合征在巧克力囊肿中具有较高的发病率。对于有生育要求的巧克力囊肿女性，虽然有时候囊肿不大小于4cm，在积极备孕，且排除排卵异常及丈夫精液的问题，半年左右还不成功怀孕，可以考虑腹腔镜检查，在剥除囊肿的同时还可以进行输卵管通液，分解周围粘连。因为这种囊肿不会随着时间而自行好转，目前也没有很好的药物可以根治，如果不手术，卵巢功能的破坏和盆腔粘连越来越严重，导致手术效果不好，术后复发率极高，且怀孕几率大大降低。首选腹腔镜手术，术后可以增加怀孕的几率。

巧克力囊肿会影响月经吗？一般来讲，卵巢的巧克力囊肿不会影响月经，因为月经是由卵巢的雌孕激素，是由整个人体内的有一个生殖内分泌轴来决定月经的。卵巢它主要是分泌雌孕激素，雌孕激素作用在子宫内膜，使子宫内膜出现周期性的变化，出现周期性的脱落，那么在脱落的过程中会有出血，所以我们叫它月经。一般来讲卵巢的巧克力囊肿不会影响卵巢分泌雌孕激素，所以它对月经的影响几乎没有。如果说患者的月经不正常，到医院来检查，可能会是因为其他的原因造成的月经的不调，而并非是因为卵巢的巧克力囊肿。当卵巢巧克力囊肿长得过大，或者出现破裂的时候，在这种情况下，有可能使患者暂时的出现月经的不正常。比如说点滴出血，或者是时间过长，也可能会出现闭经。但总的来讲，卵巢的巧克力囊肿不会影响正常的月经。